比较群体基因组学揭示桃的驯化历史
桃（Prunus persica）是经济和人文意义上最重要的果树作物之一，驯化历史长达数千年。作为一种多年生果树，其遗传演化不同于一年生植物，形成了独特的选择压力和驯化模式。在我们发表于 Genome Biology 的最新研究中，我们对 84 份桃材料进行了大规模重测序，揭示了其在遗传多样性、驯化历史以及人类对多年生果树影响方面的关键洞见。
主要发现
- 桃群体的全基因组重测序：
- 共测序了 10 份野生和 74 份栽培桃品种，包括 9 份观赏、23 份育种和 42 份地方品种。
- 鉴定出 460 万个单核苷酸多态性（SNP），揭示了决定果实大小、风味和花形态等关键性状的遗传变异。
- 单次驯化事件与群体结构：
- 系统发育分析表明，现代栽培桃起源于一次驯化事件，与野生桃物种分化。
- 观赏桃和食用桃品种属于同一遗传谱系，与地理上不同的 Prunus ferganensis 群体并存。
- 食用桃和观赏桃中受选择的基因：
- 在食用桃中鉴定出 147 个与果实品质、糖代谢和生长性状相关的人工选择基因。
- 发现 262 个与花发育、色素沉着和分枝模式相关的基因，塑造了观赏桃的演化。
- 人类栽培对桃演化的影响：
- 人工选择和无性繁殖导致遗传杂合度随时间的推移而下降。
- 杂合度比率的比较分析证实遗传多样性急剧下降，受选择性育种实践的影响。
思考
这个项目是与郑州果树研究所合作开展的，聚焦于桃品种的群体重测序分析。我们团队负责测序和基因组数据分析，使我们对桃的驯化和遗传多样性有了更深入的理解。这项研究的结果不仅增进了我们对多年生果树演化的认识，还为未来的育种计划提供了宝贵的遗传资源。
本研究的全文可在 Genome Biology 在线获取。