红树林物种叶绿体基因组比较：系统发育洞见与演化分析
红树林生态系统是陆地和海洋之间重要的环境缓冲带，栖息着适应极端沿海条件的独特植物物种。尽管具有生态重要性，红树林物种的叶绿体基因组在很大程度上仍未得到探索。在我们发表于 BioMed Research International 的最新研究中，我们展示了跨越六个分类目的 14 个红树林物种的完整叶绿体基因组组装，对其基因组特征和演化适应进行了深入的比较分析。
主要发现
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叶绿体基因组组装与结构： 组装的叶绿体基因组范围为 149 kb 至 168 kb，展现出两个反向重复（IR）、一个大单拷贝（LSC）和一个短单拷贝（SSC）区域的保守结构。大多数基因高度保守，只有四个基因表现出正选择迹象。
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叶绿体 DNA 的系统发育洞见： 利用跨 71 个植物物种的 44 个保守基因，我们重建了红树林在更广泛的蔷薇类和菊类分支中的系统发育关系。该树证实了金虎尾目中模糊科属的分类，并完善了红树林物种相对于陆生植物的演化定位。
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分化与分子演化： 比较基因组分析揭示，叶绿体 IR 区域的遗传分化最低，表明演化稳定性。此外，简单序列重复（SSR）被发现高度可变，提示其作为群体研究遗传标记的潜在用途。
思考
这个项目是我们红树林共生微生物组受资助研究的一部分，是新实验室环境基因组学计划的重要一步。该研究也是石程程博士论文的一部分，她在本研究的比较基因组分析中做出了广泛贡献。
对红树林叶绿体基因组的探索与我们更广泛的研究目标一致，即理解植物如何适应极端环境以及共生微生物如何促进其生存。我们与澳门大学 Simon Lee 教授团队合作，整合测序和生物信息学方法构建了高分辨率基因组数据，进一步丰富了我们对红树林系统发育和分子演化的认识。
本研究的全文可在 BioMed Research International 在线获取。